Das Immunsystem ist ein System, das Körpereigenes als solches erkennen und eine Homoöstase aufrecht erhalten kann. Es ist ein hoch kompliziertes Netzwerk, das sich durch den ganzen Körper zieht, eine nahezu unendliche Zahl von Bedrohungen erkennt und den Organismus dagegen verteidigen kann. Die Verteidigung gegen Pathogene erfolgt zunächst durch die angeborene und später durch die adaptive Immunabwehr. Makrophagen und Neutrophile sind zusammen mit natürlichen Killerzellen (NK) und Defensinen Teil der angeborenen Immunabwehr, die die erste Linie der Verteidigung bildet. Sie alle brauchen die grundlegende Fähigkeit, zwischen „eigen“ und „fremd“ zu unterscheiden und mittels spezieller so genannter toll-ähnlicher Rezeptoren (toll-like Rezeptoren, TLR) außerdem zwischen gefährlichen und nicht gefährlichen Signalen. Mit der Aufnahme, Verarbeitung und Präsentation der Antigene stellen Makrophagen die Verbindung zwischen dem nicht-spezifischen und dem spezifischen Zweig des Immunsystems dar, das hauptsächlich aus verschiedenen Subpopulationen von Lymphozyten und ihrer Produkte besteht. Dieser spezifische Zweig beinhaltet die adaptive Immunabwehr, die den vorherigen Kontakt mit Antigenen benötigt, sich aus einer klonalen Proliferation von Lymphozyten (T-, zytotoxische Lymphozyten und B-Lymphozyten) entwickelt und schließlich die Freisetzung spezifischer Antikörper bewirkt.

Wenn das Immunsystem nicht richtig arbeitet, können die Konsequenzen ernsthaft sein. Funktionsstörungen des Immunsystems sind:

1. Allergie und Asthma:  Überschießende Reaktionen auf eigentlich harmlose Substanzen.
2. Immunschwäche-Krankheiten:  Erkrankungen mit einer verminderten Reaktion des Immunsystems auf Infektionen.
3. Autoimmunkrankheiten:  Krankheiten, bei denen das Immunsystem fälschlicherweise körpereigene Zellen und Gewebe attackiert.